细胞代谢的系统生物学研究，聚焦基于代谢网络的全细胞数学建模
陈禹，研究员，博士生导师，入选国家重大人才工程青年项目（海外）。2018年获得华东理工大学生物化工博士学位，后于瑞典Jens Nielsen实验室开展博士后研究，2023年加入中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所。实验室主要从事系统生物学和合成生物学研究，聚焦基于代谢网络的数字细胞建模，整合“干”“湿”实验技术，实现细胞精准模拟以指导理性改造和人工合成。近五年来，一作文章发表于PNAS（4篇）、Nature Protocols、Molecular Systems Biology、Nucleic Acids Research等期刊；合作文章发表于Cell、Nature Catalysis、Nature Chemical Biology等期刊。曾多次受邀担任PNAS、Nature Communications、Bioinformatics等期刊审稿人。目前主持深圳市医学研究专项，参与国家重点研发计划、深圳市科技计划等项目。
联系邮箱：y.chen3@siat.ac.cn
实验室主页：https://chenyu.website/
代表性文章节选
Reconstruction, simulation and analysis of enzyme-constrained metabolic models using GECKO Toolbox 3.0. Nature Protocols (2024)
Yeast has evolved to minimize protein resource cost for synthesizing amino acids. Proceedings of the National Academy of Sciences (2022)
In vitro turnover numbers do not reflect in vivo activities of yeast enzymes. Proceedings of the National Academy of Sciences (2021)
Yeast optimizes metal utilization based on metabolic network and enzyme kinetics. Proceedings of the National Academy of Sciences (2021)
Proteome constraints reveal targets for improving microbial fitness in nutrient-rich environments. Molecular Systems Biology (2021)
Energy metabolism controls phenotypes by protein efficiency and allocation. Proceedings of the National Academy of Sciences (2019)